Dopo 3 anni il piccolo Arthur viene richiamato dai suoi amici in miniatura, i Minimei, attraverso un messaggio di SOS inciso in un chicco di riso. Il nostro piccolo eroe attende quindi con impazienza l'arrivo della luna piena per poter riaprire il portale e raggiungere nuovamente il popolo dei Minimei. Tuttavia una serie di eventi cercheranno di fermarlo dai suoi intenti, tra cui il padre.
