La sconfitta inflitta a Khan dall'Ammiraglio Klirk e la creazione del pianeta Genesis sono vittorie che nessuno ha la voglia di celebrare.Spock è morto e McCoy sta inspiegabilmente perdendo la ragione.Ma un'inaspettata visita di Sarek,il padre di Spock,svela un fatto sorprendente:l'assenza vitale di Spock è entrata nel corpo di McCoy.Con un amico vivo e l'altro no, ma entrambi in pericolo,Klirk cerca di aiutare i suoi compagni rubando l'Enterprise e sfidando la quarantena della flotta spaziale sul pianeta Genesis.Ma anche i Klingons hanno saputo di Genesis e stanno piombando sul pianeta per affrontare Klirk in un duello mortale.
