Kubo è un ragazzo gentile ed intelligente che racconta storie fantastiche alla gente del suo paese in riva al mare. Ma quando accidentalmente evoca un antico spirito in cerca di secolare vendetta, è costretto a fuggire e si unisce a Monkey e Beetle per salvare la sua famiglia e svelare il mistero della morte del padre. Con il suo magico strumento, lo shamisen, dovrà combattere contro dèi e mostri.
